Spatial Transcriptomics التقنية الثورية الجديدة
Spatial Transcriptomics
قد يعلم جميعنا اننا اذا اردنا تقدير التعبير الجيني لجينٍ ما فأننا نستخدم qPCR على سبيل المثال اذا كان الهدف جيناً منفردا ,واذا كان الهدف مجموعة من الجينات (المحددة مسبقا) فنستخدمMicroarray اما اذا اردنا تقدير التعبير الجيني لجميع الجينات في عينة ما فإننا نستخدم RNA sequencing .
فقط تخيل معي ماذا لو استطعنا ان نحدد كمية التعبير الجيني لجينات خلية ما مع تحديد موضع تلك الخلية على النسيج في ذات الوقت !
في جميع هذه التقنيات ما يتم قياسه حقا هو متوسط التعبير الجيني لذلك الجين (او لتلك الجينات) أي أن الRNA المستخلص هو عبارة عن RNA قادم من عدة خلايا من ذلك النسيج ممزوج ومخلوط مع بعضه.
لذا يطلق عليه اصطلاحاً Bulk RNA (والتي تعني المضخم او المكدس)
ولان التعبير الجيني يختلف من نوع خلية الى أخرى ومن حالة الى أخرى لذا وجد العلماء ان من المهم تحديد مقدار التعبير الجيني للجينات على المستوى الخلوي أي بمعنى تحديد التعبير الجيني لكل جين مع تحديد الخلية التي قدم منها بشكل دقيق ..
وهنا ظهرت تقنية Single-cell RNA sequencing.
ولكن طموح العلماء وطمعهم في الحصول على تفاصيل اكثر دقة فإن كل مما تقدم من تقنيات لم يوقفهم من طلب المزيد.
لذا طور باحثون بالتعاون مع شركات مختلفة تقنية Spatial Transcriptomic او تحديد كمية التعبير الجيني الموضعي
حيث يمكن من خلال هذه التقنية تحديد كمية التعبير الجيني على المستوى الخلوي وكذلك معرفة السياق الموضعي لتلك الخلايا على النسيج. حيث يمكن تحديد النمط الظاهري الخلوي وتحديد الإشارات (signals) التي تتعرض لها هذه الخلايا والتي بدورها ستساعد في الكشف عن الكثير من اسرار الخلايا وطريقة تعاملها مع بعضها في الظروف المختلفة.
حصلت هذه التقنية على افضل تقنية لعام 2020 ولكن بسبب جائحة كورونا لم يتم تسليط الضوء عليها كثيراً.
يضعها الكثير من العلماء والباحثين بمصافِ تقنية كريسبر لما سوف تحدثه من تأثير وثورة في البحث العلمي والتشخيص الطبي في المستقبل القريب وخصوصا في مجال الوراثة الجيزيئية.
المصادر
- https://www.nature.com/articles/s41592-020-01033-y?fbclid=IwAR3YdxMnlKvX0_DoTtUlbXJsqtdUnNyBgUjBTF_whnTWYM7UeVeGsmiPQ7I